Het Departement Welzijn, Volksgezondheid en Gezin telt 10 afdelingen.
- Diensten van de Secretaris-generaal
- Afdeling Beleidsinformatie en Data
- Afdeling Communicatie en Informatie
- Afdeling Beleidsontwikkeling
- Afdeling HR en Organisatie
- Afdeling Justitiehuizen - 14 Justitiehuizen, verspreid over Vlaanderen
- Afdeling VIPA (Vlaams Infrastructuurfonds voor Persoonsgebonden Aangelegenheden)
- Afdeling Welzijn en Samenleving
- Afdeling Zorginspectie (Kinderopvang en Gehandicaptenzorg - Welzijn, Gezondheid en Financieel)