Het Departement Welzijn, Volksgezondheid en Gezin telt 9 afdelingen.
- Diensten van de Secretaris-generaal
- Afdeling Beleidsinformatie, Communicatie en Kennis
- Afdeling Beleidsontwikkeling
- Afdeling HR en Organisatie (link wordt later toegevoegd)
- Afdeling Justitiehuizen - 14 Justitiehuizen, verspreid over Vlaanderen
- Afdeling VIPA (Vlaams Infrastructuurfonds voor Persoonsgebonden Aangelegenheden)
- Afdeling Welzijn en Samenleving
- Afdeling Zorginspectie (Kinderopvang en Gehandicaptenzorg - Welzijn, Gezondheid en Financieel)